（三）审核认定证据的合法性
税务机关审查证据的合法性，应当根据案件的具体情况，可从以下三方面进行：（1）证据是否符合法定形式；（2）证据是否按照法定职权取得；（3）证据的取得过程是否符合法定程序要求；（4）是否有影响证据效力的其他违法情形。
（四）非法证据的排除
依据《行政诉讼证据规定》第57条的规定，以下材料因不同时具备证据的“三性”而不能作为定案依据，在审核过程中应当予以排除：（1）严重违反法定程序收集的证据材料；（2）以偷拍、偷录、窃听等手段获取侵害他人合法权益的证据材料；（3）以利诱、欺诈、胁迫、暴力等不正当手段获取的证据材料；（4）在中华人民共和国领域以外或者在中华人民共和国香港特别行政区、澳门特别行政区和台湾地区形成的未办理法定证明手续的证据材料；（5）被当事人或者他人进行技术处理而无法辨明真伪的证据材料；（6）不能正确表达意志的证人提供的证言。（7）以违反法律禁止性规定或者侵犯他人合法权益的方法取得的证据；（8）其他不具备合法性和真实性的证据材料。
应当注意的是，在行政诉讼中，对被诉具体行政行为的证据有更为严格的要求，下列证据不能作为认定被诉具体行政行为合法的依据：（1）被告及其诉讼代理人在作出具体行政行为后或者在诉讼程序中自行收集的证据；（2）被告在行政处罚过程中非法剥夺公民、法人或者其他组织依法享有的陈述、申辩或者听证权利所采用的证据；（3）复议机关在复议程序中收集和补充的证据，或者作出原具体行政行为的行政机关在复议程序中未向复议机关提交的证据，不能作为人民法院认定原具体行政行为合法的依据。也就意味着，在税务行政处罚过程中，税务机关所收集的符合以上条件之一的证明材料同样不能作为认定案件事实的依据。否则，一旦进入行政诉讼阶段，以上证据将得不到法庭的采信，将有可能因此导致证据不足或举证不能而败诉。
（五）证据的证明力判断
在对证据进行审核认定过程中，如果出现证明同一事实的数个符合法定条件的证据相互冲突，就需要先对这些证据的证明力大小作出判断，再根据证明力大的证据材料来证明案件事实，一般来说，可以按照以下原则分别认定：
（1）国家机关以及他职能部门依职权制作的公文文书的证明力优于其他书证；（2）鉴定结论、现场笔录、勘验笔录、档案材料以及经过公证或者登记的书证优于其他书证、视听资料和证人证言；（3）原件、原物证明力优于复制件、复制品；（4）法定鉴定部门的鉴定结论证明力优于其他鉴定部门的鉴定结论；（5）原始证据证明力优于传来证据；（6）直接证据证明力优于间接证据；（7）其他证人证言证明力优于与当事人有亲属关系或者其他密切关系的证人提供的对该当事人有利的证言；（8）数个种类不同、内容一致的证据证明力优于一个孤立的证据。
（六）组织证据链条，得出案件真相
证据能够反映案件事实的真相，但单个证据能够反映的仅仅是事实的部分，要全面真实地反映事实的全部真相（当然，这里所说的真相是指法律真相，任何一个案件，都不可能作到完全符合案件的真实情况，只要达到法律真相即可），就必须有完整的证据链条，证据链要求认定的证据能够环环相扣、相互印证，证据之间有着内在的必然的逻辑关系，证据所证明出来的事实具有唯一性。对案件的事实证明，必须达到每认定一个事实，都有相关证据证明（不需要证明的除外），不能主观臆断。